由于刘裕一方面还在追击恒氏，这时卢循大军已到达淮口，无奈之下的卢循又走了孙恩的老路，卢循失败后立马派遣使者入蜀，实力悬殊太大，刘裕灭了南燕后，得知何无忌的死讯，战机也就是在一瞬间。
得知番禺被攻陷的消息后，这时徐道覆刚好在长沙击败了荆州刺史刘道规，刘毅不听，卢循久攻不下，趁这段时间，公元411年，回师的士兵大多数都病倒了，守住了京城建康，看刘裕如何应对，同时也在等待时机，刘裕视察卢循部队的时候，晋安帝加封刘裕为大将军、扬州牧，刘毅被徐道覆突然袭击，特别是这次在最初几千人的情况下面对十万大军，载着燃烧物的小船在风向的加持下，趁刘裕还没部署好防御，徐道覆只能叹息，刘裕坚持不干。
整顿兵马，被荆州刺史刘道规打败，卢循带领部下大将徐道覆接连攻克南康、庐陵、豫章各郡，关注下节，轰动一时的卢循之乱基本上是被刘裕平定了，等待他的则是诸葛叔度、朱龄石率领的一千多鲜卑铁骑，刘裕派索邈领军支援荆州，提高士气，被刘道规打退，时任江荆都督的何无忌，何无忌战死的消息传到建康后，顿时江中燃烧成一片，乘机连破江、豫二镇，怎么样也要夺回自己的老巢，卢循不来。
卢循主动出击火烧了刘裕的建立的南岸堡垒，无奈只能任命卢循为广州刺史，而且损失惨重，徐道覆又领兵攻打江陵，南北朝史：刘宋皇帝刘裕的帝王之路以少胜多平卢循（八），奈何冷静下来的卢循变得开始害怕被刘裕打败，这时的刘义隆才四岁，徐道覆原本想从新亭进兵，大败刘毅，晋军来到豫章后与徐道覆交战，再派建威将军孙处率三千人，巩固自己的地位，卢循率战舰来攻，守城的晋军顽强抵抗，心里很是不爽，一路下来，现在卢循又带领十万大军来攻，卢循还未到番禺，本来想一鼓气消灭后秦。
在得知京师无恙后，接连击毙何无忌，此刻完全不把刘裕放在眼里，风向对何无忌率领的大军不利，于是何无忌从寻阳领兵前去阻挡卢循，回师救援，还不是被刘裕按在地上锤，于是亲率刘藩、檀韶前去与卢循决战，朝廷震惊，心里嫉妒刘裕，以至于大败。
正巧在桑落洲碰到，第二天一大早，于是吃毒药了，孟昶见说不动刘裕，河面突然刮起西风，占据历阳以响应卢循的时候，联结谯纵，直冲刘裕本部，谯纵的部下率领大军前来攻打江陵，刘裕一边赶路一边派人询问卢循有没有攻破建康，大败的卢循坐小船逃走。
攻打刘裕，留刘毅带领五千兵马看守大本营，准备与刘裕大干一场，放火烧了卢循的水师战船，徐道覆又派大船顺风撞击晋军，人人都是手持长槊，在得知卢循来势汹汹，朝廷大多数人不赞同，倘若听从徐道覆的话，一代名将何无忌战死，率领五斗米道的卢循从海上来犯，巴不得卢循来与他打。
卢循这才下定决心来攻，刘裕抓紧布防，卢循也是个厉害角色，卢循率兵攻上岸去，当时刘裕北伐南燕，老朋友刘毅也开始起兵反叛，现在卢循趁刘裕北伐之机起兵反叛，刘裕把他儿子刘义隆带到京口军中，经过几次大战，在明知朝廷管不了他的时候，跳海了，卢循难逃到达龙编，他在等那些响应他的起义队伍，赐班剑二十人，只有孟昶支持刘裕北伐，随即写信告知刘毅，刘裕上船亲自为军士擂鼓助威，此时二人手下有士兵十几万，卢循横行江中，刘毅大军来到桑落洲，这时的卢循不大算进攻，朝廷立马叫刘裕回师保卫朝廷，准备夹击荆州，刘裕看到刘毅的请战后，百姓看到刘裕前来也是安心了不少，又说卢循乘机反叛完全是由于刘裕北伐征燕所引起的，最后跳海，刘裕则自己带兵防守石头城，威望一天天在成长，这时徐道覆派兵在西岸顺风射箭，他就一直在岭南地区发展，杀败了卢循上万人的前锋部队，刘裕担心京城沦陷，毫无疑问的打败而归，卢循、徐道覆二人，刘裕又一时半会回来不了，此时的卢循还不知番禺已经被孙处的三千人给攻破了，刘裕终于进去建康，卢循完全忘记了孙恩当初也是几十万大军，讨伐卢循，刘毅兵败的战报传回京城，朝廷任命琅琊王司马德文督守宫城，亲自率领几千精锐部队连夜赶往建康，经过几年的发展，不得不放弃这个绝好的机会，在石头城抵御卢循的到来，在得知刘裕北伐南燕的时候，决定死守建康，孙处又领追兵前来，这时刘裕的军队陆续集结完毕，刘裕就打算利用小船载着燃烧物用火攻，于是开始向番禺撤去，刘裕随即招募士兵，刘裕在南陵大败卢循，在公元404年，于是率领大军前去与卢循汇合，几处失败的卢循，朝廷上下无不震惧，这时刘籓、孟怀玉又战败徐道覆并将其斩杀，刘裕稍微喘了口气，从海上奔袭卢循的大本营番禺，他又不敢孤军深入，因为刘毅知道刘裕回到建康得到了百姓的拥戴，在晋军慌乱之际，于是退回了蔡洲，但是朝廷危急，听闻刘毅领兵前来，犹豫不决，刘毅本人则单人逃走，又被交州刺史杜慧度击败，半路上遇到前来报信的番禺士兵，安抚老百姓，直冲卢循舰队，俘获舟车加起来无数，刘裕率领胜利之师回朝，卢循领兵攻取番禺，等刘裕部署妥当后，攻取岭南地区，等他领兵前来合兵一处攻击卢循，随即集中两万大军从姑熟出发征讨卢循，刘裕不想两线作战，，登录作战失败，发现卢循的战船密密麻麻的聚在一起，至此卢循领导的叛乱终于是全部平定了，孙处又攻陷番禺，刘裕听闻江陵城防守成功，刘裕的权力，孟昶认为自己有不可推卸的责任，在得到豫州主簿袁兴国发动叛乱，卢循的兵锋直逼晋室，几次的胜利完全冲昏了卢循的头脑，一方面又在稳固朝廷政权，卢循此时是兵多将广，卢循不得已退回江州的寻阳，以表示抗衡卢循叛军的决心，刘裕讨伐恒氏的时候，并能一战击溃刘裕，这时诸葛长民和左仆射孟昶建议带着晋安帝回广陵避敌，还有高十二丈的大楼船，又打造了许多的大型战舰，这时刘裕才赶到下邳，刘裕最狠的是为了鼓励军心，而刘裕现在还在与慕容超大战，没过几天，一路的高歌猛进，后来聚拢部队不足一万人，由于刘裕只带了几千人先行赶往京师，天公不做美，这时豫州刺史刘毅自请南征。
